「組織」の内乱は『Phantom Blade』シリーズの中核となる事件の一つで、「組織」四十年に起きた。ゾウ・シャンが魂と玄魚（シュエン・ユー）を利用する策を巡らせ、誤ってムー・ティエンミャオを殺めたことで、「組織」の内側が激しく揺らいだ。
内乱の背景
「組織」の勢力が膨らむにつれ、内側の矛盾もしだいに先鋭化していった。権力を求めるゾウ・シャンと、自由を求める魂の意志がぶつかる。ゾウ・シャンは人の下に収まることを良しとせず、「組織」の最高権力を奪うため密かに策を練り始めた。
内乱の経過
ゾウ・シャンは綿密に策を組み、玄魚の魂への想いを利用して罠を仕掛ける。混乱のなかでムー・ティエンミャオが誤って殺され、「組織」は頭を失って激しい内乱に陥った。
内乱の結果
「組織」の内乱で「組織」の力は大きく損なわれ、魂は「組織」を離れ、ゾウ・シャンは混乱のなかで権力の一部を握った。この内乱は影界の武林の勢力図を根本から変えた。